Создаем бекап базы
mysqldump -u USER -pPASSWORD BASE | gzip > /var/www/user/BASE.sql.gz

Создаем бекап сайта

tar -cvf file.tar /var/www/user - создать .tar
tar -czvf file.tar.gz /var/www/user - создать .tar.gz (архив)
tar -cjvf file.tar.bz2 /var/www/user - создать .tar.bz2 (архив)

Копирование фалов с одного сервера на другой
scp -r /var/www/user root@ip:/home/user/

распаковываем архив
tar -xvf file.tar.gz

Выставляем пользователя
chown -R user:group /home/user/*

распаковываем базу и заливает ее
gunzip < /home/user/BASE.sql.gz | mysql -u USER -pPASSWORD BASE

Либо без распаковки, если база sql
mysql BASE -uUSER -pPASSWORD < BASE.sql